Coarse-grained methods

Coarse-grained methods.

 

출처: 위키피디아(http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics#Coarse-graining_and_reduced_representations)

 

분자역학을 계산하고 시뮬레이션 하는데에는 아주 고성능의 컴퓨터와 많은 리소스를 잡아먹게 됩니다. 왜냐하면 모든 원자를 하나하나 다 계산해야되기 때문이죠. 또한 조금 긴 시간동안 시뮬레이션을 하게되면 (예를들어 1 microsecond이상) 그것또한 많은 리소스를 요구합니다.

그래서 이 coarse-grained method는 원자 하나하나를 나타내는것 보다는 pseudo-atom이라는 하나의 원자 그룹을 나타내어 계산을 하게됩니다. 이런식으로 그룹들을 대표하여서 시뮬레이션을 하는 방법은 또한 reduced representation이라고도 불리죠.

 

coarse graining method의 예로는 Discontinuous molecular Dynamics와 Go-models가 있습니다.

그리고 이 방법은 protein folding, liquid crystal, polymer, DNA supercoiling, RNA structure등에 적용되구요. 제가 관심있는 protein folding에서는 주로 하나의 amino aicd를 하나의 pseudo-atom으로 나타낸답니다.